Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии № 49 Федерального медико-биологического агентства» создано на основании приказов Федерального управления «Медбиоэкстрем» от 01.07.1999 № 35-з «О реорганизации санитарно-эпидемиологической службы Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации», от 23.04.2000№ 74 «О создании центра Госсанэпиднадзора № 49 Федерального управления «Медбиоэкстрем»
Учреждение переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии № 40 Федерального медико-биологического агентства» в соответствии с приказом № 236у от 26.05.2011 Федерального медико-биологического агентства.
Учреждение находится в ведении Федерального медико-биологического агентства (ФМБА России).
Целью деятельности Центра является обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия работников организаций отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда и населения отдельных территорий в соответствии с перечнем обслуживаемых ФМБА России организаций и территорий, утверждаемым Правительством Российской Федерации
Предметом деятельности Центра является обеспечение деятельности Межрегионального управления № 156 ФМБА России в сфере санитарно-эпидемиологического благополучия работников организаций с особо опасными условиями труда и населения отдельных территорий, условия работы и проживания в которых связаны с воздействием опасных для здоровья человека физических, химических и биологических факторов, в соответствии с перечнями организаций и территорий, подлежащих обслуживанию ФМБА России.
Свою деятельность Учреждение осуществляет в соответствии с лицензиями, аттестатами аккредитации, полученными в установленном порядке на соответствующие виды деятельности.